L'histoire commence en 2356 AD, soit 189 ans après la gigantesque supernova qui a causé une catastrophe mondiale : 99% de la population mondiale a disparut. Pour que les recherches et les activités spatiales puissent se poursuivre, de colossales stations spatiales appelés "fondations", qui se répartissent dans tout le Système Solaire. Après avoir réussi l'examen d'entrée à l'Académie spatiale, Shima Katase veut rejoindre la base de Terre-Stellvia fondation, afin de réaliser son rêve de visiter la galaxie, mais aussi de protéger la Terre d'une nouvelle catastrophe interstellaire qui pourrait la détruire.