Dernière ligne droite pour les héros de Gundam Seed. Chacun a maintenant choisit le chemin qu'il souhaitait prendre pour mettre fin à cette terrible guerre opposant les Naturels aux Coordinateurs. Seuls contre tous, comment l'Archangel, l'Eternal et ses quelques alliés vont pouvoir stopper la folie humaine qui se dirige maintenant vers le génocide ? De nouveaux camarades sont là, mais des anciens sont devenus ennemis. Kira et ses amis devront alors prendre des décisions bien difficiles...