Ce second film de Gundam Seed résume une partie importante de la série originale, puisqu'il s'agit de l'arrivée de l'Archangel sur Orb, suivi de l'affrontement final entre Kira et son ancien meilleur ami Asran. Par ailleurs, la guerre entre les PLANT et l'Alliance Terrienne monte d'un cran, et ne cesse d'engendrer la haine dans chaque camp... Quel chemin vont donc choisir nos héros ?