La série met en scène un robot, Megaman, qui lutte contre le professeur Wily, un savant fou qui tente d'envahir et de dominer le monde avec des armées de super-robots.

À l'origine, le professeur Wily était l'assistant du professeur Light, avec qui il développa huit robots ouvriers, dont Rock et Roll. Mais Wily avait d'autres projets en tête, et s'avisa de reprogrammer les robots afin d'accomplir son plan de conquête et de destruction. Rock, ayant résisté à la reprogrammation, aux côtés de sa sœur, et ayant un sens aigu de la justice, se porta volontaire pour être transformé en robot de combat afin de stopper Wily. Il devint alors Megaman, reconnaissable à son armure bleue et à son Mega Buster (Rock Buster), canon plasma attaché à son bras.

Tout au long de la série, Megaman doit encore et toujours affronter le persévérant professeur Wily, mais l'entrée en scène de nouveaux personnages et la forte détermination de Megaman ne feront que corser l'aventure.

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